Es la suprema autoridad de la Red INNOVAGRO y el órgano en el cual están representadas todas las instituciones que participan como miembros asociados.

Está conformado por el Presidente de la Red y cinco Vicepresidentes, cuyas funciones son:

• Conducir la Red
• Elaborar junto con la Secretaría Ejecutiva el Plan de Trabajo Anual o Bianual
• Preparar y actualizar (en su caso), el Reglamento de la Red junto con la Secretaría Ejecutiva
• Definir las funciones de la Secretaría Ejecutiva
• Analizar y tomar decisiones sobre las solicitudes de incorporación a la Red y aquellas otras que le sean asignadas por el Consejo Directivo.

Está a cargo de la oficina del IICA en México, la cual tiene la función y responsabilidad de garantizar la promoción y fortalecimiento permanente de la Red y la adecuada ejecución del Plan de Trabajo. Su función es apoyar la implementación de los acuerdos del Consejo Directivo y del Comité Ejecutivo de la Red.